El Museo de Sitio de Pachacamac a través de su Programa de Investigación Arqueológica, y con financiamiento del Programa Qhapaq Ñan, viene ejecutando desde el año 2010 el “Proyecto de la Segunda Muralla”; asimismo, es parte del Subprograma de implementación del nuevo circuito de visita peatonal establecido en el Plan de Manejo del sitio.
Durante los trabajos en la Segunda Muralla se han registrado importantes hallazgos y evidencias que datan de la época Inca y la Colonia. Este tipo de evidencias nos indican que incluso tras el abandono del santuario, Pachacamac no había perdido el significado e importancia como lugar de peregrinaje.
En las excavaciones realizadas al pie externo de la muralla se identificaron las excavaciones realizadas por Julio C. Tello en los años 40, las que tenían por finalidad ubicar y documentar los canales que abastecieron de agua al Santuario. Del mismo modo, se documentó un tramo de un canal con orientación hacia al Acllawasi. También se registraron los desechos de un taller de talla de piedras, con las partes de algunas edificaciones fueron construidas (Pirámide con Rampa N° 8, el Acllawasi, entre otros). Otro hallazgo importante fue la presencia de entierros humanos asociados a diversos objetos, como vasijas y tejidos de estilo Inca, encontrados al pie del paramento interno de la muralla.